UEPG registra os primeiros softwares de bioinformática 27/11/2017 - 14:31
O Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada da Universidade Estadual de Ponta Grossa (PPGCA-UEPG), por meio da Agência de Inovação e Propriedade Intelectual (AGIPI), obteve o registro de seus dois primeiros softwares de bioinformática no Instituto Nacional da Propriedade Industrial (INPI). O “Paqta” e o “Paylla” (palavras indígenas que significam “Igual” e “Único”, respectivamente) foram desenvolvidos por Douglas Tomachewski, egresso do PPGCA, e Rafael Mazer Etto, professor do programa, em parceria com o Laboratório de Biologia Molecular Microbiana (Labmom) e outros pesquisadores da instituição.
Ambos os softwares são aliados de pesquisas em biologia molecular, desenvolvidas nas áreas de Ciências Biológicas, Agrárias e da Saúde, ao possibilitar a análise de milhares de sequências de DNA, RNA ou proteínas em poucos segundos.
A principal função do “Paqta” é normalizar simultaneamente inúmeras bibliotecas contendo milhões de sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. Já o “Paylla” tem a função de unir e simplificar grandes bancos de dados metagenômicos, selecionando as sequências únicas e eliminando as repetidas.
O “Paqta” e o “Paylla” são bastante acessíveis. Ambos têm interface amigável, funcionam em diferentes sistemas operacionais (Windows, Linux e MacOS) e em computadores comuns.
Testes com os softwares em notebooks de uso doméstico indicaram a capacidade de processamento de mais de 1 milhão de sequências de DNA em menos de 5 segundos, sendo que programas similares já existentes nem ao menos funcionam nesses computadores.
Segundo Rafael Etto, os avanços na tecnologia de sequenciamento de DNA têm aumentado significativamente a geração de dados genômicos. “Em 2000, os sequenciadores geravam 96 sequências de DNA por corrida. Atualmente, uma única corrida é capaz de gerar até 4 bilhões de sequências de DNA”.
Para ele, um dos desafios da bioinformática é possibilitar a análise desses dados de forma acessível a pesquisadores que não têm conhecimento em programação computacional nem dispõem de computadores potentes, papel cumprido pelos softwares.
Ambos os softwares são aliados de pesquisas em biologia molecular, desenvolvidas nas áreas de Ciências Biológicas, Agrárias e da Saúde, ao possibilitar a análise de milhares de sequências de DNA, RNA ou proteínas em poucos segundos.
A principal função do “Paqta” é normalizar simultaneamente inúmeras bibliotecas contendo milhões de sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. Já o “Paylla” tem a função de unir e simplificar grandes bancos de dados metagenômicos, selecionando as sequências únicas e eliminando as repetidas.
O “Paqta” e o “Paylla” são bastante acessíveis. Ambos têm interface amigável, funcionam em diferentes sistemas operacionais (Windows, Linux e MacOS) e em computadores comuns.
Testes com os softwares em notebooks de uso doméstico indicaram a capacidade de processamento de mais de 1 milhão de sequências de DNA em menos de 5 segundos, sendo que programas similares já existentes nem ao menos funcionam nesses computadores.
Segundo Rafael Etto, os avanços na tecnologia de sequenciamento de DNA têm aumentado significativamente a geração de dados genômicos. “Em 2000, os sequenciadores geravam 96 sequências de DNA por corrida. Atualmente, uma única corrida é capaz de gerar até 4 bilhões de sequências de DNA”.
Para ele, um dos desafios da bioinformática é possibilitar a análise desses dados de forma acessível a pesquisadores que não têm conhecimento em programação computacional nem dispõem de computadores potentes, papel cumprido pelos softwares.